馬來西亞理工大學碩士分為研究型、授課型和混合型,其中馬來西亞理工大學研究型碩士較為常見,理科類研究型碩士涵蓋了海洋科學、水生物學、動物學、分子生物、物理、化學、統計學、項目管理、藥劑學等,文科類研究型碩士涵蓋了政治學、經濟學、金融學、會計、美術、音樂等。
理科類-純科學
(海洋科學) -政策和國際研究中心;(水生生物學) -遠程教育學院;(動物學) -遠程教育學院;(分子生物) -遠程教育學院;(統計學) -遠程教育學院-遠程教育學院;(環境生物學)遠程教育學院;(物理) -物理學院;(統計學)數學科學學院;(數學) -數學科學學院;(物理) -遠程教育學院;(數學) -遠程教育學院;(化學) -遠程教育學院;(環境科學) -遠程教育學院;(化學)化學科學學院;(環境生物學)生物科學學院(應用寄生蟲學) -生物科學學院;(應用昆蟲學)-生物科學學院;(植物病理學)-生物科學學院;(水生生物學)-生物科學學院;(生物技術) -遠程教育學院;(植物學) -生物科學學院;(動物學) -生物科學學院;(微生物學)生物科學學院;(海洋科學) -生物科學學院;(海洋科學) -海洋和海岸研究中心;(分子生物) -化學生物中心;(生物技術)-化學生物中心;(微生物學) -化學生物中心;
理科類-應用科學
(可持續發展) - 全球可持續發展研究中心;(分析生物化學) -分析生物化學研究中心;(藥劑學) -藥物研究中心;(醫療生物技術) -馬來西亞醫藥保健食品研究所;(建筑測量) - 房屋、建筑與規劃學院;(項目管理) - 房屋建筑與規劃學院;(臨床藥學) -藥物科學學院;(建筑工程學) -房屋、建筑與規劃學院;(生物資源、造紙和涂料技術) -工業技術學院;(生物工藝技術)-工業技術學院;(建筑學) -房屋、建筑與規劃學院;(藥物科學) -藥物科學學院;(藥物化學)-藥物科學學院;(社會與管理藥學) -藥物科學學院;(制藥工藝學)-藥物科學學院;(生理學) -藥物科學學院;(藥物學) - 藥物科學學院;(環境技術) -工業技術學院;(食品工藝學) -工業技術學院;(工料測量) -住房、建筑和規劃學院;(室內設計) - 房屋建筑與規劃學院;(房屋學) -房屋、建筑與規劃學院;(規劃研究) -房屋建筑與規劃學院;(計算機科學) -計算機科學學院;(藥劑學) -國家毒物中心;(高級計算機網絡) -國家高級IPv6中心;(光電學) - 納米光電研究技術所;
文科-純文科
(考古學) -全球考古學研究中心;(政治學) -遠程教育學院;(經濟學) -遠程教育學院;(人類學/社會學) -遠程教育學院;(歷史學) -遠程教育學院;(文學) -遠程教育學院;(地理學)遠程教育 學院;(高等教育) -IPPTN;(心理學) -社會科學學院;(政治學) -社科學院;(發展規劃和管理) -社科學院;(社會工作)一社科學院;(經濟學) -社科學院;(人類學/社會學) -社科學院;(口譯) -語言、識能暨翻譯學院;(翻譯) -語言、識能暨翻譯學院;(語言研究) -語言、識能暨翻譯學院;(語言學) -人文學院;(英語文學) -人文學院;(文明研究) -人文學院;(伊斯蘭研究) -人文學院;(歷史) -人文學院;(文學)-人文學院;(英語語言研究)一人文學院;(馬來語研究) -人文學院;(地理學) -人文學院;(哲學) -人文學院;(文明研究) -遠程教育學院;(教育技術) -遠程教育學院;(教育學) -遠程教育學院;(心理學)-政策研究和國際研究中心;(政治學)-政策研究和國際研究中心;(發展規劃和管理)-政策研究和國際研究中心;(社會工作) -政策研究和國際研究中心;(經濟學) -政策研究和國際研究中心;(人類學/社會學) -政策研究和國際研究中心;
文科-應用文科類
(管理學) - 遠程教育學院;(音樂學) -藝術學院;(可持續發展) -全球可持續發展研究中心;(性別研究)-女性和性別研究中心;(戲劇學) -藝術學院;(美術)-藝術學院;(會計)-管理學院;(金融學) -管理學院;(管理學)一管理學院;(傳播學) -傳播學院;(教育學) -教育學院;(教育技術) - 教學技術和多媒體中心;
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